Die maternalen Gene setzen eine Kette von Ereignissen in Gang, die schließlich den Embryo in 14 Streifen unterteilt. Diese Gene haben zwei Funktionen: Sie regulieren ihre Aktivität gegenseitig, und sie bestimmen in welchen Domänen die Gap-Gene aktiviert werden. Molekular betrachtet, erfolgt die Aktivierung von Genen in zwei Schritten. Erst wird die DNA, die Erbsubstanz der Zelle, als Matrix genutzt, um von ihr ein RNA-Molekül "abzuschreiben" (Transkription). In einem zweiten Schritt wird nun das RNA-Molekül in ein Protein "übersetzt" (Translation). Die Proteine sind die eigentlichen Ausführer der Funktion.

bicoid und nanos RNA werden im Ei an dem vorderen und hinteren Pol lokalisiert und dort verankert. Die RNA wird dort translatiert, das Protein verteilt sich graduell. bicoid und nanos Proteine verhindern nun die Translation von zwei weiteren maternalen Genen: caudal und maternalem huchback. Die RNA dieser Gene ist gleichmäßig im ganzen Ei verteilt, durch das Einwirken von bicoid und nanos liegen die jeweiligen Proteine ebenfalls als Gradienten vor.

Gemeinsam regulieren die maternalen Gene die Transkription der Gap-Gene. Die unterschiedliche Konzentration verschiedener maternaler Genprodukte an jeder Stelle im Embryo legt fest, welches Gap-Gen in welchem Bereich des Embryos aktiviert wird.