Die Identifizierung von Mutationen in Genen, die den Fliegenembryo in Abschnitte unterteilen, beschäftigte über das folgende Jahrzehnt hunderte von Fliegenforschern. Um die genaue Funktion der Gene ermitteln zu können, musste zunächst ihre molekulare Struktur aufgedeckt werden. Dadurch wird zum Beispiel ermöglicht, die Verteilung der Genprodukte, der Proteine, im Embryo zu untersuchen.

Obwohl jede Zelle im Körper eines Organismus die identische Erbsubstanz hat, also mit den gleichen Genen ausgestattet ist, sind in jeder Zelle unterschiedliche Gene aktiv. Die Kombination von aktiven Genen bestimmt das weitere Schicksal der Zelle: zu welchem Körperteil sie beiträgt, oder zu welchem Zelltyp sie wird.
Die Analyse der Verteilung der Segmentierungsgene im Embryo zeigte, dass jedes Gen auch genau dort aktiv ist, wo es eine Wirkung hat. Die Produkte der Gap-Gene sind in breiten Domänen aktiviert, die der Paarregel-Gene in 7 Streifen. Es ist heute möglich, Proteinverteilungen mit verschiedenen Fluoreszenzfarbstoffen zu markieren (zum Beispiel grün und rot). Auf diese Weise lassen sich Muster von zwei verschiedenen Proteinen im gleichen Embryo leicht miteinander vergleichen.